（常設展更新於2015年7月）
1980年的文化資產災難
宛如戰地般的全幅黑白攝影作品，帶觀眾返回1980年臺東火車站新建工程時，卑南遺址所受到的嚴重破壞，以及民眾的非法盜掘——但卻因此造就了一座國家級的博物館以及文化資產保存法。
石板棺群
鋼構玻璃橋下展示的是石板棺墓葬復原情境，讓觀眾對卑南遺址產生深刻的第一印象。特別設計的強化玻璃步橋懸空而過，提醒我們隨時都有可能走在遺址上。
地層斷面
開展的地層斷面剝取自遺址現場，生動呈現出文化層的堆疊現象。
卑南文化人的居住環境
從自然地貌立體模型模型可見，卑南文化人的聚落背倚卑南山面對台東平原，聚落周圍資源豐富，是適合定居生活的棲息地。
卑南文化人的生活
卑南文化人長期群居於此，留下生活的各種物件，展示的物件包括農業、狩獵、漁獵、木工、編織製衣、武器、煮器、食器、盛器、陶偶……等。
最大的石柱
碩大的複製板岩石柱是卑南遺址所見最大的一個，由日本學者鳥居龍藏（Torii Ryuzo）19世紀末所拍下，而成為卑南遺址最早的影像紀錄。
居住建築
透過發掘圖面、縮小模型、器物等，並比對民族學舊影像資料，說明古卑南聚落家屋的排列方式、布局、材料等。
墓葬的形式
卑南文化人以石板為棺，超過2,000具的石板棺伴隨出土了精美陪葬品，以玉器及陶器最為常見，其精湛工藝由此區展示的物件可見一斑。
卑南文化人的體型
從石板棺大小、人骨遺骸等可判斷卑南文化人的體型，此區展示了原比例、不同性別與年齡的卑南文化人模型及其衣著造型。
有關卑南遺址的神話
此區的多媒體裝置生動呈現了鄰近卑南族及阿美族的口傳故事各1則，有助於我們在考古資料以外增加對卑南遺址的理解。
史前文化
卑南文化是卑南遺址上最主要的文化類型，但其實在遺址上也包含了更早的繩紋紅陶文化，以及較晚的三和文化。此區展出卑南遺址上不同文化的器物演變，了解先民在卑南遺址上長達三千年來的變化。
卑南文化人到哪裡去了
距今1900年前左右，人群不知為何離開了卑南遺址。此區內容提供各方說法，是遷移到靠海邊的地方，還是部份遷移到山上？這些都仍有待更多的證據來證實或否認。