誕生
南部科學園區臺南園區（以下簡稱「臺南園區」）座落於臺南市新市區、善化區及安定區；原屬臺糖公司之道爺和善化農場。1995年開始規劃為科學工業園區開發核心區。中央研究院歷史語言研究所受行政院國家科學委員會委託在臺南園區進行遺址調查，財團法人樹谷文化基金會考古中心持續於南科特定區進行調查及發掘；迄今，南科及周邊地區所發現之遺址多達82處，其中位於南科園區的遺址共計28處，樹谷園區的遺址共計14處，其餘散佈在特定區及鄰近地區共計40處。遺址埋存之史前文化，最早距今約5000年，最晚則約300多年前，涵蓋時間範圍長達4500年。
為了保存因開發臺南園區所進行遺址搶救發掘，2002年國科會與臺南縣政府提出興建博物館之議，2003年4月教育部指定史前館保管南科出土文物及辦理興建分館事宜。經多方共同努力下，2007年獲行政院首肯，核定於臺南園區興建南科考古館。
南科考古館基地面積約為24,219平方公尺，於2010年3月徵選出優勝廠商「姚仁喜 | 大元聯合建築師事務所」負責執行後續建築設計與監造事宜。歷經多方努力與期待，南科考古館終於在2014年6月動工，2017年11月完工，為臺灣南部地區史前文化保存與文化資產研究奠定發展基礎。
願景
(一)妥善保存及研究南科出土之文化資產。
(二)展示南科出土之文物。
(三)平衡科技與人文發展，使南科轉型為「科學工業文化園區」。
(四)推廣環境及鄉土文化教育。
(五)提供地方知識休閒和觀光之優質場所。
(六)擴展史前館之服務功能。