史前館展廳包含誕生、冰期、新世代等展示主題，裡面躲藏了許多自然界裡珍貴的神奇寶貝，這些寶貝跟寶可夢裡的菊石獸、鐵甲犀牛、末入蛾(毛球)、喵喵、妙蛙種子、小拉達、蔓藤怪等有怎樣的關係與連結，9月起史前館邀請寶可夢訓練師們，一同來尋寶及抓寶。
史前館藉由臺灣自然史的脈絡，帶領大家探索人與土地的重要事件。從「地質－生物－人類」逐漸轉入人與自然的互動，讓我們更珍惜生活的土地與環境。此外，寶可夢遊戲在史前館園區內設有8個驛站與2個道館，博物館特別規劃套裝導覽，讓大家從虛擬走入現實，從室內踏到戶外，讓民眾抓寶之外，還可吸收專屬臺灣的文化知識與內涵。