館長
綜理館務。
TEL:(089)381166#201

副館長
襄助館務。
TEL:(089)381166#204

展示教育組
掌理本館之展示設計、製作、陳列、展場維護，以及教育活動與資訊之設計和推廣等事項。
TEL:(089)381166#523

研究典藏組
研究：掌理史前人類、文化與生態環境，以及原住民文化資料的蒐集、研究，以及出版與展示主題之規劃等相關事項。
典藏維護：掌理本館之文物標本之登錄、典藏、修復、維護、保存技術之研究以及圖書資訊與館史資料之蒐藏管理等相關事項。
TEL:(089)381166#392

工務機電組
掌理建築景觀以及機電設施之管理、建置、檢驗和維護，以及實驗儀器、電腦資訊設施之建置、管理與 維護等相關事項。
TEL:(089)381166#633

人事室
辦理人事管理相關事項。
TEL:(089)381166#205

會計室
依法辦理歲計、會計及統計相關事項。
TEL:(089)381166#208

秘書室
掌理機要、研考、法制、印信、文書、檔案、庶務、出納、財產管理、安全，及其他相關事項。
TEL:(089)381166#235

公共服務組(任務編組)
掌理公眾服務、社區關係、委外業務、志工組訓、企劃行銷、媒體公關、票務之管理等相關事項。
TEL:(089)381166#722

遺址公園管理中心
掌理卑南文化公園內遊客中心和開放空間之展示設計、管理維護、導覽解說，以及與遺址保存和生態教育等相關教育活動之規劃和推廣。
TEL:(089)233466#211

南科分館籌備處(任務編組)
掌理南科出土遺址文物之研究、典藏、展示教育、公共服務等事項。
TEL:(089)381166#315