任何一個被注意、重視的博物館，除了它依據專業範疇而典藏的指標文物、研究的成果、展示的內容、導覽服務的品質及建築、環境特色之外，非常重要的是它能突顯一種具有吸引力的特質：其所蘊藏的知識與智慧之泉不斷湧出，源源不絕，而其形體如一座神聖莊嚴的殿堂，其設施與管理方式卻是謙遜溫和，人人得以親近。
本館是以考古學、人類學（或民族學）為基礎學科，進行史前文化的調查、發掘與研究、典藏工作，並以博物館學、教育學作為實踐學科，規劃展示設計與教育推廣的實務的流程。由於「過去」已經和現在有相當的距離，加上考古博物館呈現的方式是學術的，態度也是非常嚴謹的，所以一般人容易覺得本館展示的文物與詮釋的內涵深奧難懂，難以了解、親近，無法吸引參觀者；因此，本館規劃「科學的考古學」空間，讓來館的朋友能以簡單的方式了解考古的內涵；另外，本館也嘗試努力經營「會說故事的博物館」，激發人們喜歡聽故事的天性，透過考古發現的科學分析與相關故事的生動解說，讓「過去」能夠清晰、親切的呈現出來。

　　 博物館是講究專業分工而整體合作的團隊，而史前館的使命在詮釋台灣史前文化的內涵，展示著重在台灣的自然史、史前文化及原住民族文化，從而核心的專業在於這些領域，至於操作展示層次的博物館、現場導覽、多語言解說、多媒體呈現、企業管理與行銷則是展現博物館知識化、人性化與便捷、親切特質的最大支撐。隨著卑南文化遺址公園二期計畫的執行、南科分館的籌建，本館擔負的責任更為重大；博物館是百年的事業，它的生命如何開展與發皇，要依賴全體同仁們齊心努力，也要獲得社會大眾的支持與認同。