在整個展示廳地下一樓的中央有一個中庭空間，以一個巨大的卑南文化玉耳飾模型置於中央做為整個展場的中心，其餘空間則以方格網狀的分布，設有教育資料及多媒體設備的方形板凳。

　　有別於展示室的展示方式，中庭是一個帶有論壇色彩的空間。當事人以第一人稱發表自己的觀點，他們是事件的主角。他們「各自表述」的聲音直接被聽見，甚至表達一種不同於展示人員的觀點。議題選擇的方向以各展示廳展示主題衍生的議題為主，或呈現這三大主題（人、自然、文化）整合性的議題，或具社會性，或與觀眾有關及熟悉的議題。期待觀眾在此獲得的將不只是知識，而是更多的省思及感動。

　　中庭議題區共分6個主題，7個子題：每個子題以「評論」和「議題」兩種方式呈現。「評論」為藉由訪談的方式，由相關人士或當事人說出意見或感想；「議題」則以陳述的方式表達一種制式的聲音。
以下為中庭議題區的主題及子題