綜合多年來的研究成果，卑南遺址的特殊性可歸納如下：
(一)臺灣考古史上發掘範圍最大之遺址，發掘面積約1萬平方公尺。
(二)臺灣出土文物最多之遺址，總計出土石板棺近1,600餘具，陶器、石器等遺物兩餘萬件。
(三)臺灣出土玉器式樣及數量最多之遺址。
(四)臺灣規模最大的史前遺址，重要部分面積約20-30公頃，廣義的遺址面積約80-100公頃。
(五)臺灣考古史上具有最完整聚落型態與資料之遺址。
(六)環太平洋及東南亞地區規模最大的石板棺墓葬群遺址。

          　　 行政院文建會自2002年起積極推動臺灣地區世界遺產潛力點之勘查評選工作，卑南遺址列入11處初選地點名單之一，而且是唯一以考古遺址性質列名者。初評結果，卑南遺址與棲蘭山檜木林、太魯閣國家公園、阿里山森林鐵路四者以具有顯著及特殊價值等因素，列入第一類別，也就是最具潛力之點。無論就學術研究、遺產保存、本土教育或知性旅遊觀點，卑南遺址都具有無可替代之價值。