誕生
國立臺灣史前文化博物館的籌建緣於卑南遺址的搶救發掘
1980年7月，現今南迴鐵路臺東新站（原稱東線鐵路卑南站）及調車場進行興建工程時，大規模的施工揭開蘊藏豐富史前文物的卑南遺址。許多石板棺及棺內精美陪葬品紛紛被掀露地表，引起民眾的注意並爭相盜掘。
此一事件經過媒體密集報導，引起輿論重視。臺東縣政府呈報主管機關後，該站興建工程暫停施工，並委請臺大人類學系宋文薰教授率領該系學生，組成卑南文化考古隊進行搶救發掘工作。
此後十年間，宋文薰與連照美兩位教授率領臺大考古隊，利用寒暑假期間進行十餘梯次搶救工作。包含卑南遺址另外的發掘工作，發掘面積廣達一萬多平方公尺，出土約二千座墓葬與數萬件陶器及石器，是臺灣考古史上發掘範圍最大的遺址。國內外學者一致認為這是臺灣新石器時代中晚期十分重要的代表性遺址，也是環太平洋與東南亞地區規模最大的石板棺墓葬群遺址。
宋文薰教授認為如果要保存卑南遺址，應該就地興建考古遺址野外博物館，這是以卑南遺址為基礎興建博物館的最早提案。歷經多方努力與期待，史前館籌備處終於在1990年2月1日成立，於2001年7月10日試營運，2002年8月17日正式開館，為臺灣史前文化的保存與研究奠立持續發展的基礎。
願景
建館宗旨
史前館之建館宗旨乃是希望藉由博物館的研究、典藏、展示、教育和遊憩功能，啟發大眾對於臺灣之自然生態、史前文化及原住民文化之豐富和多樣性有更多的認識，並促進大眾更珍惜、尊重這片土地綿延不斷的自然與文化生命。
整體願景
史前館建築設施完善、環境優美，不但是國內第一座以史前和原住民文化為範疇的博物館，第一座包含博物館、考古遺址和自然生態公園的博物館，也是臺灣東海岸第一座國家級的博物館。因此，史前館的整體願景就是要在臺灣東部的好山、好水之間，建立一處非常美好的社教園地，使之充分發揮社會教育、文化保存、學術研究和觀光休憩的功能；也要以臺灣史前和原住民文化出自本土又超越國界的意涵，發展成最能展現本土文化特色並具國際視野和國際地位的一流博物館。
策略目標
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建立良好的管理制度，養成團結和諧的團隊。
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發揮行銷精神，提升為民服務的品質和效率。
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充實展覽內涵，活化多元文化的終身學習教育。
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善用資訊科技，拓展博物館的教育功能和空間。
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建構嚴密的典藏設施和制度，妥善維護文化資產。
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加強學術研究，提升史前與原住民文化研究的水準。
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運用專業管理，營造安全、舒適和優美的館舍環境。
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積極服務社區，結合社區資源，發展地方文化特色。
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推廣知識休閒，提升國民生活品質，帶動地區觀光發展。
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開拓國際交流與合作，達成與世界同步接軌。